Die Gemeinde Arzell wurde bis zum 1. Februar 1971 ehrenamtlich verwaltet; danach schloss sie sich freiwillig mit der Gemeinde Eiterfeld zusammen. Früher führte durch Arzell ein in Großentaft von der Ansanvia abzweigender, vorgeschichtlicher Verbindungsweg nach Bad Hersfeld. Einer der Grenzpunkte der Mark Soisdorf war um 800 die Mündung der Wölf in die Eitra bei Arzell. Der Ort Arzell wird erstmals in einem Fuldaer Güterverzeichnis als Agecella erwähnt (Dronke, Traditiones et antiquitates Fuldenses, 1844, Cap. 43 Nr. 27), welches von T. Werner-Hasselbach (die älteren Güterverzeichnisse der Reichsabtei Fulda, 1942, S. 16ff., S. 108 und S. 133ff.) in die Zeit zwischen 1015 und 1025 datiert wird.
Der Name Agecella wird als Zelle des Ago oder Weideplatz am Wasser gedeutet. Diese erste Deutung des Ortsnamens lässt auf eine Zelle (Verwaltungsstelle) des Klosters Fulda für den um 1015 sehr ansehnlichen Klosterbesitz schließen. Arzell gehörte ursprünglich zum Gericht Ufhausen, später zum fuldischen Oberamt Fürsteneck (Eiterfeld). Begütert waren auch die Herren von Buchenau (im Jahre 1456 als Lehen der Grafen von Wertheim) und das Kloster Blankenau.
Arzell war kirchlich eine Filiale der Pfarrei Eiterfeld. Im Jahre 1967 wurde es dann zur selbständigen Pfarrkuratie erhoben. Die heutige Kirche aus Sandsteinen wurde im Jahre 1931 errichtet. Die Sandsteine wurden in einem gemeindeeigenen Steinbruch an der Straße von Eiterfeld nach Körnbach, etwa in der Höhe des jetzigen Rastplatzes, von den Arzeller Bürgern gebrochen und anschließend mit Pferdefuhrwerken zur Baustelle gefahren.
Auf der Rückseite der Sakristei befindet sich ein roter Sandstein mit Jahreszahl 1731. Dieser Stein ist der ehemalige Türsturz von der alten Kapelle, die beim Bau der Kirche (1929 bis 1932) abgerissen worden ist. Die katholische Kirchengemeinde St.-Franziskus-Xaverius in Arzell wird heute von Pfarrer Winfried Vogel geleitet.